Budynek archiwum mieści się w centrum miasta w budowli zwanej "Klasztorkiem". Powstała ona w XIV-XV w. w narożniku południowo-wschodnim murów miejskich. Przez wieki pełniła różnorodne funkcje: obronne, magazynowe, ponadto mieściła się tu szkoła miejska, szkoła dla niższego personelu kościelnego, koszary wojskowe, biblioteka i kino.
Zniszczona dwukrotnie podczas I wojny światowej i po II wojnie światowej. Odbudowana i oddana do użytku w 1988 r.

Ekspozytura Archiwum Państwowego m. st. Warszawy, która została powołana przez Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych z dniem 1.VII.1997 r., przechowuje XIX-XX wieczne archiwalia oddziałów APW. Są to głównie akta wymiaru sprawiedliwości: sądowe, instytucji więziennictwa, notarialne, a także spółdzielni warszawskich oraz dokumentacja wieczysta po zlikwidowanych w Warszawie (po 1989 r.) instytucjach i przedsiębiorstwach państwowych.